免费单页网站建设,七牛云动静分离wordpress,便捷网站建设公司,淄博北京网站建设在全基因组关联分析中#xff0c;处理芯片数据时#xff0c;必须走的一个流程就是基因型数据填充#xff08;imputation#xff09;。 当然#xff0c;如果你拿到的是全测序的数据#xff0c;请忽略这一步。 下面直奔主题#xff0c;怎么在网页版进行基因型填充。 1 进入…在全基因组关联分析中处理芯片数据时必须走的一个流程就是基因型数据填充imputation。 当然如果你拿到的是全测序的数据请忽略这一步。 下面直奔主题怎么在网页版进行基因型填充。 1 进入Michigan Imputation Server Michigan Imputation Server网站链接https://imputationserver.sph.umich.edu/index.html#!pages/home 进入该网站进行注册。 注册完以后接下来准备imputation需要的输入文件 2 准备imputation需要的输入文件 Michigan Imputation Server网站只接受压缩包的vcf格式vcf.gz故需要先将手头上的文件转化为vcf.gz格式 2.1 转化ped/map为vcf格式文件 plink --ped mystudy_chr1.ped --map mystudy_chr1.map --recode vcf --out mystudy_chr1 2.2 将vcf格式文件压缩为vcf.gz格式 这一步骤需要安装VCFtools和tabix两个工具 安装成功后使用如下命令 vcf-sort mystudy_chr1.vcf | bgzip -c mystudy_chr1.vcf.gz 3 上传数据 以下两种方式任选一种。 3.1 上传vcf.gz文件的方式 具体使用操作见下图 3.2 上传链接的方式 4 坐等邮件, 收结果 转载于:https://www.cnblogs.com/chenwenyan/p/10830207.html
