网站建设详细流程,wordpress中.htaccess,一键生成vi设计,中国宁波网宁波新闻生信序列基本操作算法
建议在Jupyter实践#xff0c;python版本3.9
1. 定义DNA序列
seq ACGT# 从序列指定索引的碱基
seq[1]
# C# 序列长度
len(seq)
# 42. 序列拼接
# 序列拼接 - 字符串
seq1 AACC
seq2 GGTT
print(seq1 seq2)
# AACCGGTT# 序列拼接 - 列表
seqs [A…生信序列基本操作算法
建议在Jupyter实践python版本3.9
1. 定义DNA序列
seq ACGT# 从序列指定索引的碱基
seq[1]
# C# 序列长度
len(seq)
# 42. 序列拼接
# 序列拼接 - 字符串
seq1 AACC
seq2 GGTT
print(seq1 seq2)
# AACCGGTT# 序列拼接 - 列表
seqs [A, C, G, T]
print(.join(seqs))3. 序列生成
# 随机产生ATCG碱基
import random
random.choice(ACGT)# 生成DNA序列
import random
seq
for _ in range(100):seq random.choice(ACGT)
print(seq)
# GTGTCGACACCCGAGTGTTCACAAGTGGTCTTTCGGCACTTTGCTCTGAGTGGCGCGCTTAGCTATAAGGGCAAGTATCCTAGTCATATCCCGAAGGCGT# 生成DNA序列方法2
seq .join([random.choice(ACGT) for _ in range(10)])
print(seq)
# ATGGATGTCT4. 序列截取
seq ATGGATGTCT
seq[1:3]
# ATseq[:3]
#GATseq[7:]
# GACseq[-3:]
# GAC5. 序列比较
# 获取序列最长相同前缀
def longestCommonPrefix(s1, s2):i 0while i len(s1) and i len(s2) and s1[i] s2[i]:i 1return s1[:i]
longestCommonPrefix(ACCATTG, ACCAAGTC)
# ACCA# 比较序列是否相同
def match(s1, s2):if not len(s1) len(s2):return Falsefor i in range(0, len(s1)):if not s1[i] s2[i]:return Falsereturn True
match(ACCATTG, ACCATTG)
# False# 序列字符串比较
ACCATTG ACCATTG
True5. 获取互补序列
def Complement(seq):complement {A: T, C: G, G: C, T: A}t for base in seq:t t complement[base]return t
Complement(ACCATTG)
# TGGTAAC6. 获取反向互补序列
def reverseComplement(seq):complement {A: T, C: G, G: C, T: A}t for base in seq:t complement[base] treturn t
reverseComplement(ACCATTG)
# CAATGGT7. 读取基因组fasta序列文件
def readGenome(filename):genome with open(filename, r) as f:for line in f:# 忽略文件头信息if not line[0] :genome line.rstrip()return genome
genome readGenome(lambda_virus.fa)len(genome)
# 48502genome[:100]
# GGGCGGCGACCTCGCGGGTTTTCGCTATTTATGAAAATTTTCCGGTTTAAGGCGTTTCCGTTCTTCTTCGTCATAACTTAATGTTTTTATTTAAAATACC7. 计算基因组fasta文件ATCG碱基的数量
# 循环遍历方法
counts {A: 0, C: 0, G: 0, T: 0}
for base in genome:counts[base] 1
print(counts)
# {A: 12334, C: 11362, G: 12820, T: 11986}# 调用库
import collections
collections.Counter(genome)
# Counter({G: 12820, A: 12334, T: 11986, C: 11362})
