移动网站设计,网站建设业务的途径的体会,做网站最便宜多少钱,王野摩托车Ballgown是分析转录组差异表达的R包。 软件安装#xff1a; 运行R#xff0c; source(“http://bioconductor.org/biocLite.R”) biocLite(“ballgown”) R会自动安装Ballgown#xff0c;及相应的依赖包。 Ballgown的输入文件 StringTie使用-B参数直接生成Ballgown的输入文件… Ballgown是分析转录组差异表达的R包。 软件安装 运行R source(“http://bioconductor.org/biocLite.R”) biocLite(“ballgown”) R会自动安装Ballgown及相应的依赖包。 Ballgown的输入文件 StringTie使用-B参数直接生成Ballgown的输入文件Cufflinks的输出结果需要使用Tablemaker生成Ballgown的输入文件。 一个有5个输入文件分别是 e_data.ctab外显子水平表达量 i_data.ctab内含子水平表达量 t_data.ctab转录本水平表达量 e2t.ctab外显子与转录本的对应关系 i2t.ctab内含子与转录本的对应关系。 Tablemaker tablemaker -p 4 -q -W -G merged.gtf -o sample01_output sample_01/accepted_hits.bam -p 指定线程数 -q 去冗余 -W 运行模式是tablemaker而不是Cufflinks模式 -G 指定组装好的GTF文件这个文件由cuffmerge生成 BAM文件是最后一个参数这个文件由Tophat生产 运行Ballgown 运行R 载入Ballgown包 library(ballgown) 载入数据并创建一个ballgown项目 bg ballgown(dataDir’D:\extdata’, samplePattern’sample’, meas’all’) 指定分组及重复样本数目 pData(bg) data.frame(idsampleNames(bg), grouprep(c(1,0), each3)) 差异表达分析 stat_results stattest(bg, feature’transcript’, meas’FPKM’, covariate’group’) 有些地方我写得不是很清楚有一个英文的Tutorial写得非常好。 https://github.com/alyssafrazee/ballgown 转载于:https://www.cnblogs.com/jinhh/p/8032253.html
